日本では16日、安倍内閣の総辞職に伴う臨時国会が召集され、午後に開かれた衆参両院本会議の首相指名選挙の結果、自民党総裁で現職の内閣官房長官である菅義偉氏が第99代首相に選出された。菅首相は直ちに組閣を行った。これを受けて外交部（日本の外務省に相当）は、台北駐日経済文化代表処（=在日台湾大使館に相当）を通し、蔡英文総統、外交部の呉釗燮部長（=外相）、台湾日本関係協会（台湾の対日本窓口機関）の邱義仁会長の代理としてそれぞれ祝電を送り、中華民国政府及び国民からの祝賀メッセージを伝えた。以下は外交部が16日に発表したニュースリリースの概要。
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菅首相は内閣官房長官在任中、台湾に友好的な政策を講じる安倍前首相を支え、台日双方が自由、民主主義、人権、法治等の基本的価値を共有していること、互いに重要なパートナーであり、貴重な友人であることなどを、公の場で繰り返し表明してきた。また、台湾のWHO（世界保健機関）への参加を支持するとも表明しており、その立場は台湾に対して友好的である。
日本は台湾にとって3番目の貿易パートナーであり、日本にとって台湾は4番目の貿易パートナーである。昨年、台湾からは延べ500万人が日本を訪れるなど、台湾の住民にとって日本は最も人気の旅行先となっている。日本から台湾へも年間延べ200万人が訪れており、台湾を訪れる外国人観光客の中で日本人は2番目に多い。台湾と日本は互いに重要な隣国であり、同じインド太平洋地域に属する重要な民主国家である。我々は、今後も既存の基礎の上で、両国が全方位的且つ実質的なパートナーシップを深め、インド太平洋地域の平和、繁栄、安定を維持できるよう期待している。