日本の林芳正官房長官は20日の定例記者会見で、台湾で頼清徳氏と蕭美琴氏がそれぞれ新総統、副総統に就任したことに触れ、祝意を示した。林官房長官は「台日間の経済・貿易関係や人的往来は極めて緊密であり、台湾は重要なパートナーで大切な友人でもある。頼清徳総統のもとで台日の友情の更なる深まりに期待している」などと述べた。また、8年間の任期を終えて退任した蔡英文前総統に対しても敬意を表した。
林官房長官はさらに、「日本としては台湾海峡の問題が平和的に解決されることを望む」とした上で、台湾海峡の平和と安定が国際社会の安定にとって非常に重要であるとの見方を改めて示し、日本が今後、米国をはじめとする同盟国・同志国と緊密に連携しながら、中国にこのメッセージを明確に発信していくことが重要だ」など述べた。
日本の外務省は今年1月13日、台湾で総統選挙の投開票が円滑に実施されたことを受け、外務大臣談話を通して祝意を伝えた。これに続いて正副総統就任に対しても祝意を伝えたことを受けて中華民国（台湾）外交部は、「日本が台日関係や台日間の友好を重視していることを十分に示すものである。政府は今後も台日関係の発展に力を入れ、近い理念を持つ国々との連携を強化し、インド太平洋地域の平和と安定、繁栄をともに守っていきたい」とコメントした。