新型コロナウイルス感染防止において、マスクやアルコール消毒液は重要な防疫物資だ。財政部（日本の財務省に相当）は2月27日から5月26日までの3ヶ月間、マスクや消毒用アルコール原料に対する関税を免除・減額することを発表した。これは、世界的に需要が高まることで原材料コストが高騰することが予想されたため、輸入コストを削減して業者の負担軽減を狙ったためだ。それと同時に、販売価格を抑え、市民が購入しやすいように配慮した。消毒用アルコール原料の関税は、20%から半分の10%に、マスクは7.5%の関税が免除となった。
行政院（内閣）は、マスクとアルコール原料に対する関税の免除・減額期限を迎えた26日夕方、消毒用アルコール原料の関税半減について、さらに3ヶ月間延長することを決めた。期間は8月26日までとなり、その後さらに延長するかどうかは状況を見て判断するとした。非課税だった輸入マスクについては、27日から従来の7.5%が課税される。
マスクの関税免除期間が終了したことに合わせ、27日から個人による郵送・国際スピード郵便での輸入や海外からの持ち込みについて、免税範囲（2,000台湾元＝約7,150日本円）を越えた分は7.5%が課税される。なお、海外から持ち込む物品の免税範囲は、総額2万台湾元（約7万1,500日本円）まで。
そのほか、中央感染症指揮センター（新型肺炎対策本部に相当）は先ごろ、6月1日からマスクの輸出を再開するとの見通しを明らかにした。財政部関務署（日本の財務省関税局に相当）によると、経済部（日本の経済産業省に相当）が全面的な輸出解禁を発表すれば、税関においては、業者による輸出、個人の海外への持ち出し及び郵送・国際スピード郵便による海外発送を問わず、制限を一斉に解除するという。解除されれば、輸出数量も制限がなくなる。
関務署の統計によると、1月24日から5月22日までのマスク輸出に関する違反は2,344件に上り、没収されたマスクは合計41万3,129枚だった。これらは、防疫用品として役立てられた。違反案件のうち、最も多かったのが郵便物や小包の中に隠して海外へ発送しようとしたケースで、2,201件に達し、没収されたマスクは22万7,879枚だった。