行政院（内閣）は3日の閣議で組織改造草案を決定した。行政院環境保護署（日本の環境庁に相当）は将来、経済部（日本の経産省に相当）の水資源保護業務、行政院農業委員会（日本の農水省に相当）の森林保護業務、交通部（日本の国交省に類似）の中央気象局などを吸収し、「環境及び資源部」に昇格する。
行政院組織法改正案は2010年に立法院（国会）を通過。行政院の37省庁を29省庁に再編することが決められ、2012年にそのため組織改造がスタートしたが、なお6省庁の改編が完了していない。具体的には行政院大陸委員会（日本の省レベル）、内政部（同）、交通部をまとめて「交通及び建設部」とすること、並びに経済部を「経済及びエネルギー部」とすること、さらに行政院環境保護署を「環境及び資源部」に、行政院農業員会を「農業部」に格上げすること。
行政院人事行政総処の施能傑人事長は閣議後の記者会見で、大陸委員会組織法案は昨年、立法院の審議に送付済みだとした上で、3日に閣議決定された43項目の組織法草案はいわば組織改造というパズルの最後の「1ピース」であり、これらの草案も立法院に送られると説明した。
行政院の計画によれば、内政部に属する営建署は「国家公園署」と「国土管理署」に改められる。国家公園は引き続き内政部が管理する。交通部観光局（日本の観光庁に相当）は「観光署」に昇格する一方、交通部に属していた中央気象局は「環境及び資源部」に移転する。
経済部に属する機関のうち水利署は分割され、水利権の調整、及び水利開発と治水業務は経済部から出来る「経済及びエネルギー部」が引き続き担い、地下水や温泉水などの水資源保護業務は「環境及び資源部」へと移される。鉱物局と中央地質調査所も「環境及び資源部」に移転する。その他、経済部中小企業処は「中小及びスタートアップ企業署」に格上げされる。加工輸出エリア管理処と、工業局における工業エリア関連業務は併合されて「産業パーク管理局」となる。
行政院農業委員会が格上げとなる「農業部」には、「農村及び農田水利署」、「農民服務及び農業金融署」、「農業サイエンスパーク管理センター」を新設する。また、行政院農業委員会林務局と同林業試験所における林業生産業務は引き続き「農業部」に残るが、現在農業委員会に属するその他の森林保護業務、水土保持局、特有生物研究保育センターは「環境及び資源部」に移転される。
行政院環境保護署が格上げされて出来る「環境及び資源部」には従来の交通部中央気象局が加わり、「中央気象署」となる。「環境及び資源部」にはさらに「水資源保護署」を新設し、現在の経済部水利署における水資源保護の業務を引き継ぐ。さらに現在の行政院農業委員会特有生物研究保育センター、同林務局及び同林業試験所の大部分の業務は新設される「森林及び自然保育署」と「生物多様性及び森林保育研究所」が担う。そして現在の経済部鉱物局と中央地質調査所、さらに行政院農業委員会の水土保持局は合併され、「水土保持及び地質鉱物署」となる。
行政院原子力エネルギー委員会は新たに「行政院原子力エネルギー安全委員会」となり、行政院の三級独立機関となる。法律に基づき、独立した職権行使が可能で、原子力エネルギー委員会の全ての職権を引き継ぐ。