中華民国軍の洪仲丘下士官が7月、除隊前に、職権を乱用した違法な扱いを受けて不幸にも死亡した事件について、馬英九総統は7月31日、軍は国と民を守るために存在するのであり、訓練はしっかりとしたもので、紀律は厳格でなけれなばならないが、軍人の人権と尊厳が侵されることは許されないと述べた。馬総統は、国防部はすでに軍における人権保障の改革案を提出しているとし、自分は引き続き監督と指導を行い、今回のような事件は断固再発させないと強調した。
馬総統はまた、戦時下と非戦時下において軍人が犯した罪の裁判と調査の業務を司法機関に移すべきかどうかは、軍事裁判法、陸海空軍刑法、陸海空軍懲罰法などの法改正に関わると説明。その上で、行政院に対し、立法院、司法院、及び法務部と積極的に意思疎通を行いながら法改正を進めるよう指示済みであることを明らかにした。馬総統によると、国防部は改革に対してオープンな態度を保っており、今回の事件をきっかけに、軍内部で不幸な事件を引き起こす恐れのある制度に必要かつ大幅な改革を行えるよう希望しているという。