行政院農業委員会（農委会、日本の農林水産省に相当）は9日、自由化という後戻りできない流れに直面し、自由経済モデルエリアと台湾海峡両岸サービス貿易協議（協定）は、自由化に向けての第一歩であると表明。両岸サービス貿易協議は、台湾の農産物により多種の輸送・販売サービスを提供すると同時に、モデルエリアで進める農業の高付加価値化政策は、台湾の農業の技術面での強みを発揮し、農産物市場を拡大する効果が期待できると説明した。同委員会はまた、以下のように指摘した。
両岸サービス貿易協議によって農業分野で台湾が中国大陸側に開放するのは、「牧畜業のコンサルティングサービス」のみで、かつ家禽類の飼育や交配が除かれているのは、機密技術の流出を防ぐためである。
また、卸小売業などのサービス業は、2009年にすでに中国大陸資本による台湾での投資を開放しており、台湾の農業生産・販売には悪影響をもたらさない。さらに、同協議では中国大陸資本は、倉庫・保管業に投資する場合は持ち株比率が半数を超えてはならないと明文化しており、台湾の同産業を掌握するようなことは発生せず、政府も公平交易法（公正取引法）など関連メカニズムを整備している。
このほか、モデルエリアでは国内外の原料を使用することができるため、業者は台湾の優れた加工または付加価値向上技術を運用することで、海外の特定市場のニーズに応じ、その市場の嗜好に合致する製品の生産が可能になり、新たな市場開発ができる。
モデルエリアで加工済みの製品で規制対象品目である場合は、この製品は必ず全数輸出されることとなっている。また規制対象品目となっている中国大陸の農産品830品目を開放しないという方針を堅持する。また、規制対象品目ではなくとも、現行の輸入規定に基づき納税してはじめて台湾市場で販売することができるため、市場の混乱を招くことはない。