経済部（日本の経済産業省に相当）は近年、同部が所轄する各機関を統合し、共同で海洋深層水産業の発展に取り組んでいる。水利署は海洋深層水モデル工場を建設、技術処は数多くの基礎研究と応用技術の開発を手掛け、工業局は商品化に向けた推進と指導を通じて画期的な商品を開発、国際貿易局は企業の国際見本市への出展に協力し、商品の知名度向上と市場開拓を支援、標準検験局は海洋深層水の検査・測定技術や標準、認証制度を確立、中小企業処は産業の育成や指導を行っている。
また、経済部が台湾東部の台東県に建設した「東部海洋深層水イノベーション＆リサーチセンター」では、海洋深層水産業の応用技術を開発し、産業発展の基礎固めに取り組んでいる。同時に、海洋深層水のミネラル物質の分離や、観光・レジャー、教育への応用を通じ、海洋深層水産業の商業化のモデル地点として、多くの企業に海洋深層水産業への参入を促している。
経済部は現在、海洋深層水の取水事業について、第2期実施計画に取り組んでいる。今後も産学研の連携強化、応用技術の開発、海洋深層水の多様な応用の推進、企業の新製品開発の指導、製品マーケティング、取水施設の安定性の提供といった作業を行っていく。