行政院（内閣）は14日、鳥インフルエンザウイルス（H5N2型およびH5N8型）の感染がニワトリにも広がっていることを受け、「鳥インフルエンザ対策本部」を設置した。感染に関する事態の処理に当たり、迅速に流行を食い止め、一般市民の生活や経済の安定を図る。
行政院は現状対応のため、流行拡大阻止について、①行政院農業委員会（日本の農林水産省に相当）と地方政府が連携して地域合同予防メカニズムを整備する、②農業委員会と中央関連省庁、地方政府が専門家の意見を取り入れながら関連措置を決定する、③行政院が流行情況を見ながら会議を招集する――の3本柱で事態の処理に当たる方針を示した。
また行政院環境保護署（日本の環境庁に相当）が地方の環境当局を監督し、死んだ家禽類をむやみに遺棄しないよう厳格に査察、「最も迅速で、最も厳格な基準で処罰」を原則に流行拡大を回避する。
なお、衛生福利部（日本の厚生労働省に類似）は、ウイルスが人に感染することのないよう注意深く観察し、全面的に配慮した対策を事前に定めるとしている。