海洋保護を重視しより成果あるものにするため、政府は2007年1月と2014年6月にそれぞれ、南シナ海の東沙（プラタス）諸島に東沙環礁国家公園、離島の澎湖諸島に澎湖南方四島国家公園を相次いで設立した。東沙環礁国家公園は海洋生物と渡り鳥の移動にとって重要な中継点となっており、澎湖南方四島国家公園は重要な海洋生態系や地質の宝庫であり、魚類資源が集まる漁場となっている。
東沙環礁国家公園の管理について内政部（日本の省レベル）は、今後も引き続き海洋研究拠点の関連施設・設備を強化し、研究者に良質の研究空間と生活用施設を提供するとともに、科技部（日本の省レベル）やその他研究機関などと多角的な協力関係を構築し、大学や研究機関に教育や研究の場を提供していきたいとしている。
澎湖南方国家公園の管理について内政部は、今後も引き続き資源や暮らし・文化の保護を推進し、海洋生物のデータベースを構築することで、海洋固定調査プロットの観察を進め、生態多様性を保全するとともに、地元のリソースを統合して、地元をエコツアーの町とするモデルチェンジを後押しする計画だ。