行政院の省庁再編は2012年1月1日に開始、現有の37省庁が効率的に再編され、徐々に29省庁に改められていく。財政部、教育部並びに国防部の新組織は2013年の1月1日にスタートした。
国防部は1日をもって、陸・海・空・聯勤（聯合後方勤務）・後備・憲兵の6指令部から陸・海・空の3指令部にまとめられた。聯勤司令部は1日をもって廃止、現在の陸軍保修（メンテナンス）指揮部と合併して陸軍後方勤務指揮部となり、三軍共通の後方勤務作業にあたる。後備、憲兵司令部は指揮部となり、参謀本部に属することになった。
財政部は1日より、これまでの国庫、税務、関税業務、国有財産、財政情報の五大主要業務以外に、国際財政司（局に相当）と推動促参司（参与促進推進）を新設。同時に、関政司（関税行政）と関税総局は統合して「関務署」（税関業務）を新たに設立した。関税総局に属していた灯台及びナビゲーション施設業務は交通部航港局に移転した。
教育部は行政院体育委員会と行政院青年輔導委員会を吸収し、「教育部体育署」と「教育部青年発展署」を新設、さらに、12年制の国民基本教育政策と幼稚園、託児所の統合実施に合わせ、「国民及び学齢前の教育署」を立ち上げることにしている。
省庁再編後の行政院は、14部（省に相当）、8会（庁に相当）、3独立機関（中央選挙委員会、公正取引委員会、国家通信伝播委員会）、1行（中央銀行）、1院（国立故宮博物院）、2総処（主計総処、人事行政総処）の29省庁となり、新組織は2013年にスタートした。