野党・民進党は9月30日に国際記者会見を開き、最高法院検察署（最高検察庁に相当）特捜本部による国会電話傍受事件について政府を批判した。法務部（法務省に相当）は同日、これについて、同事件は特捜本部による別件の調査が発端になっていると説明。法務部は、特捜本部は他の犯罪について調査していたところ、ある立法委員（国会議員に相当）が司法に違法な働きかけを行っていた疑いがあることが分かったため、その関係者の電話傍受を申請したのであり、事件は単なる司法案件で、「政治闘争」とは関係ないと強調した。
法務部は、特捜本部の今回の傍受行為は全て法定プロセス（Due Process of Law）に従って裁判所から許可を得ており、アメリカのウォーターゲート事件において、他人の建築物に侵入して盗聴器を仕掛けたケースとは全く異なり、同一視してはならないと主張。
法務部は、馬英九総統は特捜本部に対して国会の電話傍受の命令や要求などしていないとすると共に、民進党や外部による非難ではいかなる証拠も提示されておらず、事実ではないと強調した。
なお、特捜本部による傍受の期間や内容、方式などが社会で議論を巻き起こし、政府に対する信頼性が揺らぐ事態となっていることについて、法務部は9月29日に事件調査チームを設置、速やかに総合的な報告をまとめて公表するとしている。また、外部の指摘する傍受の乱用などの問題については、法制面、執行面などから改善策を打ち出す。