行政院（内閣）は18日午後、臨時行政院会（閣議）を開き、総辞職を決定した。毛治国行政院長（首相）の辞職により、張善政副院長（副首相）が代理を務める。
毛院長は16日に投開票が行われた総統・副総統選および立法委員（国会議員）選挙の結果を受け声明を出し、選挙が終わり、新たに形成された民意により、立法院にも新たな多数党が誕生したと表明。これから5月20日の次期総統の就任まで移行期間が4カ月間あるが、世界の政治経済が厳しい情勢にあるこの肝心な時期にあって、国内において政権交代で行政院が重大な政策決定を行えなくなり、国の発展と国民の福祉に深刻な影響を及ぼすような事態を避けるために、馬英九総統に辞意を伝え、慰留を固辞したと説明した。