日本の野田首相が台湾時間の9月27日、国連総会における演説後の記者会見で、釣魚台列島（日本名：尖閣諸島）は日本の固有の領土であると述べたことに対し、外交部は28日、釣魚台列島は中華民国固有の領土で台湾に付属する島嶼であり、その周辺海域は中華民国国民の伝統的な漁場だと反論、領土であるのだから政府は自ずから同列島の主権が侵されないよう守る責任があると強調した。
外交部はまた、日本が釣魚台列島に主権問題は存在しないとし、一方的に不法な行動をとって地域の緊張を高めたことは、まさに、野田首相の、「自らの主張を一方的な力や威嚇を用いて実現しようとする試みは、国連憲章の基本的精神に合致しない」という言い方に反すると指摘した。外交部は、日本は釣魚台列島には異なる主権の立場によって生まれた争いが存在するという事実を直視し、中華民国政府の提示する「東シナ海平和イニシアチブ」に応え、理性的かつ平和的な対話で地域の平和を守り、東シナ海の資源の共同開発を目指すべきだと呼びかけた。
なお、国立政治大学国際法学研究センターの邵漢儀研究員は9月17日に、アメリカの「ニューヨークタイムズ」紙に対し、「釣魚台、日本が明らかに出来ない真相（The Inconvenient Truth Behind the Diaoyu/Senkaku Islands）」と題して寄稿、日本の国立公文書館及び日本外務省の外交史料館などにある未公開の資料を引用し、日本は釣魚台列島を「盗み取った」と主張している。