法務部は22日、フィリピン司法省による司法共助の要請書をすでに受け取っていることを明らかにした上で、中華民国（台湾）がフィリピン側に要請している事項については未だ回答がなく、フィリピン側の要請は「互恵平等」の精神に明らかに符合していないとする立場を示した。中華民国はフィリピンに対して、フィリピン公船の人員が台湾の漁船「廣大興28号」に向けて発砲したことの関連資料の提供や、事件発生時の録画映像の公開、フィリピンの関係者立会いの下での当事者への取調べなどを要求している。
法務部は一方で、フィリピン司法省が、中華民国の人員がフィリピンに赴き、フィリピン公船に乗船して武器や銃弾について調査することに同意したとしてこれを評価した。法務部は、事件は海上で発生した、国境を跨ぐ犯罪であり、調査では中華民国とフィリピンの協力が欠かせないと強調。互いにそれぞれの司法主権を尊重するという前提の下、すべての情報を共有し、実質的な調査を行ってこそ真相が解明でき、法律に基づく起訴や賠償も実現できると述べた。法務部では、これらを前提とし、中華民国の調査チームは随時フィリピンに向かうとした上で、互恵と司法共助の精神に基づき、フィリピン側の調査チームが台湾にやってくることを歓迎するとしている。
なお、馬英九総統は22日、政府は同様の事件の再発を断固防ぐとして、漁船の護衛を常態化し、漁業者の権益と命の保護に全力で取り組んでいく考えを示した。