西太平洋・沖ノ鳥（島）付近の公海で中華民国（台湾）船籍の漁船、「東聖吉16号」が日本の海上保安庁に拿捕（だほ）されたことを受け、馬英九総統は25日午後、総統府において国家安全上層部会議を招集した。呉敦義副総統、行政院の張善院長（首相）、国家安全会議（安全保障政策を担当する総統府直轄の機関）の高華柱秘書長（事務局長に相当）、それに外交部（日本の外務省に相当）や行政院海岸巡防署（日本の海上保安庁に相当）など関連省庁のトップが集められ、今後の対策について話し合った。
馬総統は、日本の沖ノ鳥（島）を構成する２つの岩礁は合計約９平方キロメートル（標準サイズの卓球台2つ分に相当）しかなく、国連海洋法条約（UNCLOS）第121条が定める「人間の居住又は独自の経済的生活を維持することができる」という島の定義に合致しているかどうか、またそれを基点とする200海里の排他的経済水域（EEZ）を主張できるかどうかについては、国際社会でも極めて大きな争点となっていると述べた。
馬総統はまた、中華民国政府はかねてからこの件について、当事者同士が国際法に基づいて話し合いを行うか、または関連の国際組織に協力を求め、平和的に解決すべきだと主張していると強調。そのうえで馬総統は、国連の大陸棚限界委員会（CLCS）においても沖ノ鳥（島）をめぐる論争は未解決のままであり、法的地位が定まっていない現段階において、日本政府は中華民国（台湾）及びその他の国々がこの海域で航行や漁業を行う権利を尊重すべきであり、争点となっているこの海域で、日本政府が中華民国（台湾）の漁船を拿捕することは「受け入れられない行為だ」と述べた。
馬総統はこの会議で外交部に対し、中華民国政府の揺るぎない立場を直ちに日本政府に伝えると共に、拿捕された漁民と漁船の早期返還に向けて積極的に交渉を進め、且つ日本側に対してこの問題について中華民国（台湾）と話し合うことを求めるよう指示した。